农村建房土地纠纷的解决部门，需依具体情况确定。以下按不同情形说明：
1. 土地权属争议（如宅基地界限不清、集体土地使用权归属不明）：根据《土地管理法》，先向县级以上人民政府自然资源主管部门（原国土资源局）申请处理。该部门会核查权属证明、历史使用记录等，出具行政处理决定书。
2. 建房审批手续纠纷（如未取得宅基地使用证、规划许可证擅自建房）：由乡镇人民政府或县级人民政府城乡规划主管部门处理。乡镇政府管农村宅基地审批，规划部门负责认定、处罚违法建设。
3. 村民间涉及集体土地承包经营权的纠纷：可先请求村委会、乡（镇）政府调解；调解不成，可向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或直接起诉。
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农村建房土地纠纷，有几个法律风险点需重视：
1. 土地权属证明缺失风险：若没有合法有效的权属证明（如宅基地使用证、集体土地建设用地使用证），权利主张可能不被支持。例如，村民王某在村集体土地建房，因无宅基地证，邻居李某以土地归其承包为由阻挠施工，王某无法证明宅基地使用权，政府处理时难认定其权益，可能面临停工或拆除。
2. 违法建设行政处罚风险：未取得乡村建设规划许可证或未按许可建房，可能被认定为违法建筑，面临罚款或拆除。比如，村民张某未经规划审批擅自扩大建房面积，乡镇政府依据《城乡规划法》第六十五条作出限期拆除决定，张某逾期不拆，政府可依法强制拆除，导致已投入成本全损失。
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农村建房土地纠纷的处理，可能受以下特殊情况影响，进而改变解决方式或结果：
1. 历史遗留问题致权属不清：部分农村因历史原因（如80年代分地未明确界限、宅基地证未统一换发），土地权属证明缺失或记载模糊。例如，村民赵某与钱某的宅基地相邻，双方老证均未标注具体四至，仅依据“东至某某房屋后墙”等模糊描述，政府处理时需结合历史使用习惯、村委会证明、航拍图等综合认定，处理周期延长，结果存在不确定性。
2. 土地规划调整或征收拆迁：若争议土地被纳入政府规划调整范围（如新农村建设、公路扩建）或征收拆迁区域，纠纷处理需优先服从公共利益。比如，村民孙某与村委会因宅基地使用权纠纷，期间土地被划入征收范围，政府会暂停原权属争议处理，先按征收政策补偿土地，再由相关方协商补偿款分配或通过诉讼解决，原土地使用权争议转化为补偿款分配争议。
3. 涉及集体经济组织内部成员资格争议：若纠纷一方为非本集体经济组织成员（如外嫁女、入赘女婿），其是否享有宅基地申请权或使用权会影响纠纷处理。例如，外嫁女李某户口未迁出本村，主张在本村建房用宅基地，村委会以其已嫁出为由拒绝，此时需先依据《农村土地承包法》等法规确认李某的集体经济组织成员资格，再处理宅基地使用权纠纷，成员资格认定是前置关键问题。
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农村建房土地纠纷的解决部门，法律上有明确依据。结合《中华人民共和国土地管理法》分析：
《中华人民共和国土地管理法》第十六条（现行有效）主要规范土地利用总体规划编制，与纠纷解决关联度低。而第十四条明确：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。”因此，农村建房中的土地权属纠纷（如宅基地使用权争议），个人之间的纠纷应先找乡级人民政府或县级自然资源主管部门处理；对处理决定不服的，方可向人民法院起诉。对于违法建房涉及的规划问题，《城乡规划法》第六十五条规定：“在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。”故此类纠纷由乡镇人民政府主管。综上，农村建房土地纠纷需区分权属争议和违法建设，分别由相关政府部门处理。

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